유급휴가를 사용하였다면 해당 기간을 포함하여 일할계산하여야 할 것이나, 무급휴가라면 결근으로 취급하여 일할계산하여야 할 것입니다. 유급휴가 여부는 위 내용만으로 판단할 수 없습니다. 회사의 취업규칙 등에서 해당 휴가를 유급휴가로 규정하고 있는지 살펴보아야 합니다. 특별한 규정이 없다면 무급휴가로 보아야 할 것입니다.
자세한 사실관계를 알 수 없어 정확한 답변을 드리기 어려우나, 5인 미만 사업장이므로 말씀하신 휴가의 성격에 따라 달라질 것이라 사료됩니다. 유급휴가라면 휴가일수를 포함하여 급여 계산을 할 것이나, 그렇지 않은 경우라면 휴가기간을 제외하고 급여 계산을 하게 될 것입니다. 근로계약서의 휴가 관련 조항을 살펴보시기 바랍니다.