구체적인 내용을 알 수는 없지만, 급여명세서상 식대를 20만원으로한 이유는 식대의 비과세 한도가 20만원이기 때문인 것으로 보입니다. 통상임금의 변경이 없다면 문제 없을 것입니다. 다만 추후라도 오해를 방지하기위해 연봉계약서와 명세서를 수당 금액을 맞추는 작업은 필요하겠습니다.
질문내용만으로는 정확한 답변을 드리기 어려우나, 근로계약서와 급여명세서의 임금 구성 항목이 다르면 법적 분쟁 시 불리하게 작용할 수 있기 때문에 정확하게 일치하도록 요청하는 것이 바람직합니다. 다만, 비과세 항목인 식대를 분리하여 처리한 것은 실무적으로 근로자와 사용자에게 모두 이익이므로 현 상태를 유지해도 크게 문제되지는 않습니다.