시간외 근로관련해서 근기법이 우선인가요? 근로계약서가 우선인가요?

근로기준법 53조 1항에 당사자 간에 합의하면 1주간 12시간 한도로 근로시간을 연장 할 수 있다고 되었습니다.

그런데 회사 규정이나 근로계약서에는 사용자가 명할수 있다고 되어있습니다.

(근로자에게 거부권이 없는것처럼 보이고, 이해를 안할경우 지시위반으로 징계를 줄수있다라는 사측은 주장)

이에 근로기준법처럼 '당사자간 합의'라는 문구를 넣어 복무규정과 근로계약서를 변경하자고 사측에 요구를 하고 있으나 사측은 변경을 하려고 하지 않습니다.

근로기준법을 규정이나 근로계약서가 유효한건지 문의드립니다.