동일한 주택에 대한 임대차계약서가 2개, 문제가 되나요?

안녕하세요.

몇 주 전 다가구주택을 임대인과 직거래로 보증금 500만원 / 월세 45만원 / 관리비 7만원에 계약하고 거주 중입니다.

‘부동산(다가구주택)월세계약서’ 양식으로 작성했고, 계약당일 동사무소에서 임대차계약 신고도 완료하여 확정일자도 받았습니다. (전에 살던 집에서 보증금을 아직 못 받은 관계로 이 집에 전입신고는 안한 상태입니다.)

그런데 계약 후 약 2주 뒤인 오늘, 임대인이 ‘표준임대차계약서’ 양식을 새로 가져와(명시된 계약일은 월세45만원 짜리 계약서에 명시돼있는 계약일과 동일) 보증금 500만원 / 월세 39만원(관리비 항목은 없음)으로 기재된 이 계약서에 서명을 요구했고, 저는 서명했습니다. (임대인이 세금 절감을 목적으로 이러한 요구를 한 것 같습니다.)

임대인은 “이 계약서는 본인이 임대사업자로서 시청에 신고할 용도일 뿐이며, 임차인이 연말정산 월세 세액공제나 직장 월세지원금 신청 시 기존 계약(월세 45만원)으로 인정받는 데 아무 문제 없다”고 합니다.

하지만 제 입장에서는 임대차계약서에 기재돼있는 월세가 45만원으로 공식적으로 인정되어야 연말정산(월세 세액공제)과 회사 월세지원금 증빙이 가능하여 우려됩니다.

질문드립니다. 1. 월세 45만원 부동산(다가구주택)월세계약서(동사무소 임대차계약신고완료, 확정일자 완료) + 월세 39만원 표준계약서(오늘 추가 서명)처럼 계약서가 2개인 경우, 추후 연말정산 시 세액공제 같은 부분에서 월세 45만원으로 낸 것으로 인정받는 부분에 있어 문제가 될 소지가 큰가요?

이미 동사무소에 임대차계약신고가 월세 45만원 짜리로 되어 있으면, 추가로 서명한 월세 39만원짜리 계약서는 신경 안써도 되나요?

2. 집주인과 계약 당시 협의로 아직 보증금을 입금하기 전인데, 보증금 입금 전 월세 39만원 짜리 '표준임대차계약서' 수정을 요구해야될까요?

혹시 정정이 필요하다면 어떤 형태의 문서가 가장 안전한지(변경합의서/확인서/계약서 재작성 등) 조언 부탁드립니다.

감사합니다.