월세제도의 특징이 임차인이 월세를 납부하지 못하거나 연체에 대비하여 보증금을 예치하게 하는긧입니다. 임대인과 합의에 의하여 남은 기간 동안의 월세 차임을 보증금에서 공제하기로 하는 것은 법적으로 문제는 없습니다만, 주택임대차보호법상 2기이상의 차임을 연체하면 임대인은 계약을 해지할 수 있다는 규정은 존재합니다.
임대인과 합의를 통해 진행하신다면 문제가 없을 수 있지만 보증금이 있기에 임의대로 월세지급을 안하실경우 두달연체가 연속되는 2기가 될경우 임대인이 계약해지를 통보할수 있습니다. 그러므로 임대인과 협의하여 조정해보셔야 하나 실제 임대인이 이를 합의하는 경우는 거의 없다는 점 참고하시면 될듯 보입니다.