근로계약과 연봉계약이 달라도 되나요?

수습기간이 끝나고 계약서를 다시 받았습니다. 근데 찾아보니 보통 근로계약과 연봉계약을 달리하지 않는다고 해서요.저렇게 이행한다면 연차나 퇴직금 계산할때도 연봉계약에 맞춰서 하는거 같은데, 연차나 퇴직금 계산시 수습기간부터 하는게 법에 맞다고 들어서요. 정확히 알고싶습니다.