건축물대장에는 없는 층을 계약 가능할 까요?

사무실 임대를 할려는 건물의 건축물 대장에 해당 층이 없습니다. 위반 건축물로 되어있지도 않습니다.

그곳에 임대를 할 경우에 임차인은 사업자등록 등의 대항력을 갖추면 보증금을 보호 받을 수 있나요?