임직원이 출장가서 업무목적으로 자체적으로 사용하신 비용이라고 하면 어떤 비용으로 하셔도 크게 상관은 없을 것 같습니다.
(통상적인 수준의 금액과 업종일 경우..)
만약, 출장시에 거래처와 같이 식사한 건이 있다거나 하면 해당건은 접대비로 처리하시는게 나을 것 같고요...
3번 질문의 경우 어차피 업무상 통상적인 비용을 목적에 맞게 사용하셨다고 하면 어느 계정으로 하셔도 크게 상관은 없을 것 같고, 관리가 편하신 쪽으로 하시면 되지 않을까 싶습니다.(식대, 숙박비가 복리후생 성격이라기보단 출장의 일부분이므로 그냥 출장비 전체를 교통비 처리하시는게 관리상 편하실거 같긴 하네요..)