소송에서 미지급 연장수당 지급 시 월 소정근로시간수는?

안녕하세요?

1시간 연장에 대해서 지급하라는 노동청의 시정명령이 있었는데요.

저희 회사는 토요일 무급 휴무, 일요일만 주휴일이라서 원래는 근로기준법대로 209시간을 월 소정근로시간 수로 봐야하는데 취업규칙에따라 200시간으로 계산하는데요.

궁금한 점이 법 위반 사항은 근로기준법에 따라 계산해서 지급하면 되는 것인가요?

실제 통상임금 소송 등에서는 회사 임의적 규정따른 근로자에게 유리한 소정근로시간을 기준으로 재산정하는지 아니면 근로기준법대로 209시간으로 하는지요?