공사대금에 관한 부가세 문의드립니다

안녕하세요

공사대금 1000만원으로 계약서 작성시 부가세는 별도라는 문구를 작성 후 서로 사인 서명하였으며

공사가 끝난 후 세금계산서를 요청으로 부가세 입금해주시면 발급드리겠다 하였으나 가져간돈에서 발급하라며 욕을 하길래 신고하라고 연락을 마쳤습니다.

공사도중 추가된 부분은 세액까지 공사진행중 입금주셔 그날 바로 끊어드렸구요 약 200만원 세액포함220이들어와서 발급함

1000만원의 부가세 100만원 입금을 안받고 끊어드릴수 없는 고객이십니다 (공사대금처리도 어려웠음)

어떻게 해야하는것인가요 욕을 먹은것도 기분더러운데 제가 왜 손해를 입어야하는지 방법 부탁합니다