안녕하세요. 김용인 노무사입니다.
탄력근무제의 구체적인 내용을 확인해야 하겠지만, 탄력근무제 시행만으로 일찍 퇴근한 날의 시간에 대해 임금을 공제하는 것은 문제가 될 수 있을 것으로 보여 집니다.
만약 총 소정 근로시간에 미달한 시간인 경우라면 휴업의 개념이 적용되어 휴업수당 지급 대상이 될 것이며, 새롭게 발생할 연차 대신 급여에서 차감하는 부분은 다툼의 소지가 있겠지만, 부당해고 구제신청을 통해 부당해고 판정 후 추가 연차수당 청구 등을 고려해보심이 좋을 것 같습니다.