안녕하세요. 이수진 노무사입니다.
공기업에 재직하면서 프리랜서, 즉 사업소득자로 일하여 사업소득에 발생한다면 그에 따른 사업소득세(3.3%)를 납부함이 타당합니다.
공기업에서 재직하면서 받는 근로소득과 프리랜서로 일하면서 얻게된 사업소득은 별개의 건이이므로, 각각의 소득에 대한 세금을 납부함이 타당합니다.
질문의 내용과는 별개로,
재직 중인 공기업에서 취업규칙 등 내규로 겸업을 금지하고 있거나, 겸업 시 징계할 수 있다는 규정 등을 두고 있다면, 향후 겸업 사실이 밝혀질 경우 문제가 될 수 있으므로, 이 점을 사전에 확인하여 보실 것을 권유드립니다.