안녕하세요. 박성진 세무사입니다.
연구개발 전담부서인원이 주주인 임원이 있는 경우 법인과 특수관계자에 해당하는 경우에는 제외되는 규정은 있으나 사업자가 있는 경우에 제외된다는 규정은 없습니다.
*조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】
③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (2014. 3. 14. 개정)
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 (2009. 4. 7. 신설)
2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 (2009. 4. 7. 신설)
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. (2012. 2. 28. 개정)