근로기준법 6조에 따르면 사용자는 '근로자에 대하여 남녀의 성(性)을 이유로 차별적 대우를 하지 못하고, 국적ㆍ신앙 또는 사회적 신분을 이유로 근로조건에 대한 차별적 처우를 하지 못한다.'라고 되어 있으므로 단순 성에 따라 임금 차별을 한다면 질문자님 말씀대로 법적인 문제가 될 수는 있습니다. 하지만 회사 내 구체적인 상황을 모르나, 해당 여성 직원이 경력이 더 높다고 하셨으므로 동일한 선상에서 비교하기는 힘들 것으로 보이고 차별에 합리성이 있다고 보여지는 바 단순 성에 의해 임금 차별이라고 볼 수 없을 것으로 사료됩니다.
위 사실관계만으로 명확한 답변을 드리기 어려우나 사업주는 동일한 사업 내의 동일 가치 노동에 대하여는 동일한 임금을 지급하여야 하며, 동일 가치 노동의 기준은 직무 수행에서 요구되는 기술, 노력, 책임 및 작업 조건 등으로 합니다. 따라서 성별이 아닌 직무수행에 필요한 기술, 노력, 역량, 경력 등이 다른 경우에는 임금 지급에 있어 차등을 둔다고 하여 차별적 처우로 볼 수는 없습니다.