안녕하세요. 구고신 노무사입니다.
문제가 있는 조항이 맞습니다
말씀하신대로 주 5일 근무후에 토요일이든 일요일이든 하루는 유급주휴일로 처리가 되기 때문에 연차휴가와는 하등 상관이 없습니다
때문에 저러한 조항 자체가 잘못되었다고 보여집니다
또한 5인이상 사업장이라면 연차휴가부여는 의무이며, 이것은 근로자가 원할 때에 부과해야합니다
다만 저런 조항 자체가 근로기준법 위반으로 무효이기 때문에 실질적으로는 효력이 없고, 추후 분쟁을 대비하여 증거자료 등을 수집해 두시는게 좋겠네요