안녕하세요. 주현종 노무사입니다.
건강보험, 고용보험의 경우 추후 퇴직 시 보수총액 신고를 통해 보험료 정산을 보게 되므로 공단에 신고된 금액기준이 아닌 실제 근로자가 지급받은 금액을 기준으로 보험료를 공제하여도 큰 문제가 없습니다(어차피 나중에 정산을 통해 추가로 납부하게 되기 때문).
다만, 국민연금의 경우에는 퇴직 시 별도 보험료 정산을 하지 않으므로 공단에 신고된 월 소득기준액으로 보험료를 공제하는 것이 필요합니다. 만일, 회사에서 국민연금 보험료도 실제 지급받은 임금을 기준으로 공제했다면 결과적으로 공단에서 부과한 국민연금 보험료보다 더 많이 공제하게 된 것이므로 퇴직 시 이에 대한 정산을 하는 것이 필요할 수 있습니다.
감사합니다.