안녕하세요. 주현종 노무사입니다.
말씀해주신 내용을 전반적으로 고려했을 때 보다 좀 더 구체적인 사실관계 확인이 필요할 것으로 보이긴 하나,
회사가 해당 근로자가 출근하여 근로를 제공한 사실에 대해서 다른 방법으로도 충분히 확인이 가능한 경우임에도 불구하고 기본급 자체를 지급하지 않고 공제하는 것은 문제의 소지가 있는 것으로 사료됩니다.
다만, 연장근로수당에 대해서는 회사가 출퇴근에 관한 명확한 지문인식 자료가 없음을 이유로 거부할 수 있을 것으로 사료됩니다.
답변이 도움 되셨기를 바랍니다. 감사합니다.