퇴사시 마이너스연차 정산방법 문의

포괄임금제를 시행하는 DC형 퇴직연금을 운영중인 회사입니다. 정규직 근로자의 퇴사시 마이너스 연차를 어떻게 정산하면 되는지 문의드립니다. (마이너스연차는 정상적으로 휴가사용 품의해 승인을 득한 경우임)

[공제금액]
1. 무급휴가로 보아 마이너스연차 1일당 급여 일할 공제
2. 결근으로 보아 마이너스연차 1일당 급여 일할 공제 (5일 이상일 경우 주휴수당 포함 공제)
3. 연차수당이므로 통상임금*8h*초과사용일수 공제
4. 회사가 당사자와 합의하에 초과지급한 휴가이므로 당사자가 동의하지 않을 경우 공제불가(0원).

[공제방법]
1. 급여에서 차감하며, 급여 부족시 퇴직금에서 차감.
- 퇴직금이 줄어드는데 맞나요?
2. 급여금액과 무관하게 퇴직금에서 차감
- 퇴직금에는 초과사용으로 인한 영향 없음

[기타]
만약 퇴사시 정산이 아니라, 계속근로자에게 매년 연차수당을 정산해주는 경우라면 초과사용분에 대해서 연차수당의 형태(통상임금 기준으로 수당정산)로 정산해야하는건가요?