월차가 근로기준법상 연차(1년 미만 근로자가 1개월 개근 시 1개씩 부여되는 연차)를 의미하는 것이라면, 상시 사용 근로자수 5인 이상 사업장에서 발생한 연차는 유급휴가로서 그 사용한 날에 출근한 것과 동일하게 처리되므로 연차휴가를 사용하여 근무하지 않더라도 급여가 삭감되지는 않습니다.
여기서 말하는 수당의 성격이 무엇인지 알 수 없어 명확한 답변을 드리기 어렵습니다. 만약, 연장근로수당을 말하는 것이라면, 연장근로는 실제 근로한 시간에 대하여 지급하는 것이므로, 특별한 규정이 없는 한, 특정일에 연차휴가를 사용하여 연장근로를 한 사실이 없다면 미리 월급여액에 포함된 연장근로수당을 공제한다고 하여 법 위반으로 보기는 어렵습니다.