개념을 정확히 이해할 필요가 있습니다. "프리랜서"는 "근로자가 아니다"는 뜻이며, 근로자가 아니면 "4대보험이 안 됩니다", "3.3% 뗍니다".
그러나, 일상적으로 소규모 사업장에서 "알바" "프리랜서"라고 표현하는 것은 4대보험을 안 내기 위해 편법적으로 사용하는 용어인 경우가 많습니다. 진짜 프리랜서가 아닌 가짜 프리랜서 인 것이지요. 그러니 사장은 가짜로 프리랜서니까 4대보험 안내고 + 근로소득세 떼는 대신 3.3%를 뗀다는 것입니다.
결국 법적으로 근로자에 해당한다면, 3.3%(속된 표현으로 프리랜스 세금)을 떼면 안 되고, 근로소득세를 떼야하고, 4대보험(또는 2대보험)을 넣어야 하는 것입니다. 근로소득세는 일반 근로자에게 떼는 세금으로 연말정산 하는 것을 말합니다. 세율은 소득에 따라 다릅니다. 100만원 남짓이면 세금을 거의 안 냅니다.
사장은 (가짜) "프리랜서"이니 4대보험 안 된다"는 말이고, 질문자님은 "가짜" 프리랜서이니 넣어달라는 말입니다. 법대로 하자면 질문자님 말이 맞습니다.