귀 질의의 사실관계만으로는 명확히 판단이 어려우나, 코로나19에 걸려 회사에 출근하지 못하는 날에 대하여 회사 내 병가 규정이 있다면 그에 따라 처리하면 될 것이며, 그렇지 않은 경우 회사가 무급으로 처리하거나 개인 연차휴가를 사용하게 하는 것이 노동관계법을 위반하였다고 보긴 어려울 것으로 판단됩니다.
코로나 19에 확진되어 보건당국의 지침에 따라 자가격리 되어 근로를 제공하지 못한 경우에는 취업규칙 등에 특별한 규정이 없는 한, 그 기간 동안은 무급으로 처리할 수 있습니다. 따라서 연차휴가 사용기간 중에 자가격리 된 경우에는 정상적으로 연차휴가를 사용한 것으로 보아 유급으로 처리하면 됩니다.