주휴수당과 이틀치 급여를 각각 90%로 계산하든, 합산한 뒤 90%를 적용하든 최종 금액은 같습니다. 다만, 조사관이 임금체불이 어떤 항목에서 발생했는지를 명확히 파악하도록 하려면 주휴수당(90% 적용) + 이틀치 급여(90% 적용)로 구분해 기재하는 것을 권장드립니다.
질문자님의 근로계약서 등에서 수습시간 동안 약정 임금의 90%로 지급 받기로 정하였고 체불된 임금 중 2일에 해당하는 금액이 해당 수습기간의 근로에 대한 것이라면 주휴수당과 임금(약정임금의 90% 2일분)으로 하셔도 무방하고, 이를 합한 금액을 특정 시점의 임금체불액(예컨대, 25년 7월분 중 임금체불액)으로 주장 하셔도 될 것입니다.