질문자님께서 말씀하시는 차량유지비가 비과세 처리되는 "자기차량운전보조금"등의 개념이라면, 이건 세법의 문제이므로 차량이 없는 사람에게 비과세 처리하면 세법 위반이 됩니다. 세법위반 여부의 문제입니다. 그러나 그 돈을 지급한 것 자체가 불법이 되지는 않습니다. 비과세처리한 것이 위법이 됩니다.
차량유지비라는 수당을 지급하는 대상이 불공편한 부분의 문제는, 이건 회사 내부의 의사결정의 문제로 법적으로 문제 삼는 것은 쉽지는 않을 듯합니다. 누구는 주고 누구는 안주는 것이 형평의 문제로 근로자들이 회사에 항의하는 것은 타당합니다. 다만, 노동부에 신고하는 등 법위반 문제는 아닐 듯합니다. (차별의 여부가 문제될 수도 있는데 이 부분은 질문 내용만으로는 판단이 어렵습니다.)