근로시간의 산정이 곤란한 경우가 아니라면 근로기준법 55조에 따라 시급의 1.5배를 지급하여야 합니다. 5만원, 10만원이 시급의 1.5배로 계산된 것이거나 그보다 많이 지급된 것이라면 법적으로 문제가 되지 않으나 시급의 1.5배에 미달한다면 이는 임금체불에 해당합니다.
귀 질의의 사실관계만으로는 명확히 판단이 어려우나, 휴일근로수당은 '통상시급x휴일근로시간x1.5(8시간 초과분은 x2)'로 계산 및 지급되어야 하며, 4시간 근무에 따른 휴일근로수당이 50,000원 미만이라면 회사는 그 차이분을 근로자에게 추가로 지급해야 할 것입니다(포괄임금제 등 관련 논의는 별론으로 함). 이를 미지급하는 경우 근로자는 사업장 소재지 관할 노동청에 임금체불 등을 이유로 진정을 제기할 수 있습니다.