퇴직금과 월급이 같이 들어오면 퇴사후 퇴직금은 못받나요?

3.3%세금을 공제하는 직업입니다.

처음 입사시 월 기본급여 400만원에 퇴직금은 별도로 구도 계약 진행하였습니다.

근로계약서는 아직도 작성하지 않고 있습니다. 5인이상 사업장 입니다.

1. 1월차 ~ 8월차 는 통장에 400만원이 급여로

9월차 ~ 20월차 는 통장에 급여 360만원 + 퇴직금 40만원

21월차 ~ 22월차 는 통장에 400만원이 급여로

23월차 ~ 30월차는 통장에 급여 360만원 + 퇴직금 40만원

으로 사업자 임의로 기본급여에 퇴직금을 포함시켜 지급해버렸습니다.

회사 사정으로 인하여 퇴직금을 기본급에 포함시켜야 한다고 이야기해서, 전 월급이 동결되더라고 퇴직금은 별도로 하기로 하였는데 사업주가 이를 무시하였습니다.

만약 제가 퇴사시 제대로된 퇴직금을 받을 수 있을까요?

2. 중간중간 초과근무수당이 붙었는데 사업주가 이부분에 대하여는 별도의 퇴직금에 대한 언급이 없었습니다.

퇴직금 산정시 마지막 3개월 총급여에 대하여 퇴직금을 산정하는게 맞나요?

3. 3년동안 결근없이 출근하였는데 연차수당에 대한 언급이 하나도 없었습니다. 물론 연차수당을 받지도 못했고요.

연차수당도 요구할수 있는건가요?