안녕하세요. 김정원 노무사입니다.
우선 일반적으로 연차휴가 수당은 [시간급 통상임금 × 1일 소정근로시간(8시간) × 초과 일수]를 계산하여 공제하는 것이 맞습니다.
이에, 미사용 연차 수당을 지급할 때와 동일한 단가를 적용하여, 그만큼의 급여를 마이너스 처리하시면 됩니다.
다만, 근로기준법상 '임금 전액 지급의 원칙'이 있어 근로자의 동의 없이 임의로 공제하는 것은 법위반 소지가 있습니다
이에, 퇴사 시 서류나 정산서 등에 "연차 초과 사용분에 대한 급여 공제에 동의한다"는 서명을 받아 두시고 공제를 진행하셔야 안전합니다
주휴수당까지 차감할 경우 노동청에 진정을 제기하면 임금체불로 진행될 가능성이 높습니다
그리고 이미 지급된 주휴수당은 차감하지 않는 것이 원칙입니다.
구체적으로 주휴수당은 1주일간 정해진 소정근로일을 '개근'했을 때 발생합니다. 연차를 사용한 날은 법적으로 출근한 것으로 보기 때문에 해당 주의 주휴수당은 정상적으로 발생한 것으로 간주됩니다.
따라서 연차를 초과 사용해서 정산하는 것은 "근무하지 않았는데 유급으로 처리된 하루치 임금"을 돌려받는 개념이지, 그로 인해 발생한 주휴권까지 소급해서 박탈하는 개념이 아닙니다.
감사합니다