퇴사자 연차 초과 사용 정산 문의드립니다

안녕하세요 저희는 입사일 기준으로 연차를 부여하고 있구요.

1년 미만 근로자 퇴사 예정이라, 연차 초과 사용분에 대해서 차감 후에 마지막 달 급여 지급하려고 하는데요.

1. 연차수당 계산하는 것처럼 통상임금x초과 일수 계산해서 마지막 달 급여에서 제하고 지급하면 될까요?

2. 이미 지급된 급여는 주휴수당을 다 포함해서 지급된 것인데, 초과분 정산을 할 때 이미 지급된 주휴수당까지 차감해서 지급해야 될까요? 이건 법적으로 문제가 되는 사항인가요??

감사합니다!