질문내용만으로는 정확한 답변을 드리기 어려우나, 근로기준법 제76조의 3에 따라 사용자는 직장내괴롭힘 조사 기간동안 신고인을 보호하기 위해 적절한 조치를 취하도록 명시하고 있기는 하나, 이 적절한 조치가 반드시 분리를 의미하는 것은 아니기 때문에 사업장에서 할 수 있는 최선의 조치를 할 수 있습니다.
근로계약서상에 근무지를 특정하고 있더라도 직장 내 괴롭힘으로 확인된 경우로서 가해자를 피해자와 분리시키지 않으면 극단의 상황이 발생할 수 있는 것이므로, 가해자를 다른 근무지로 전직명령을 할 수 있습니다. 근로기준법 제76조의3제5항에서도 "직장 내 괴롭힘 발생 사실이 확인된 때에는 지체 없이 행위자에 대하여 징계, 근무장소의 변경 등 필요한 조치를 하여야 한다"고 규정하고 있습니다.