질문내용만으로는 정확한 답변을 드리기 어려우나, 계약기간이 12월 31일까지임에도 불구하고 사업장 종료를 이유로 5월 31일 조기종료 통지를 했다면, 그 사유가 허위로 밝혀졌거나 실제 종료되지 않았음에도 다른 일부만 재계약하는 경우에는 실질이 해고이기 때문에 5인 이상 사업장이라면 노동위원회에 부당해고 구제신청을 넣을 수 있습니다.
기간제근로계약을 체결하여 기간이 12.31.까지인데 5.31.로 종료하는 것은 해고입니다. 설사 폐업이든 인원감축이든 경영상 이유라도 근로기준법 제24조의 경영상 해고 요건을 갖추어야 합니다. 자세한 사실관계 검토가 필요하겠으나 단순히 인원감축해야한다는 이유로 기간제근로자를 해고하는 것은 부당해 보이므로 노동위원회에 부당해고구제신청으로 다투어볼 여지가 있습니다.