결근이란, 근로자가 소정근로일에 출근하지 않음으로써 임의로 근로를 제공하지 아니한 날을 의미합니다. 따라서, 근로자가 실제로 출근하여 근로를 제공하였다면 사용자는 근로자에게 근로의 대가로서 임금을 지급해야 하며 출퇴근 미기록을 이유로 결근처리를 하여서는 아니됩니다.
출퇴근 미기록을 이유로 결근처리를 하고 해당일에 대한 임금을 지급하지 않을 경우, 향후 임금체불 등 노동분쟁이 발생할 수 있으며, 취업규칙 등 내부규정에서 "출퇴근 미기록 시 제재를 한다는 내용"을 별도로 정한 바가 없다면, 근로자에게 불이익한 조치를 하여서는 안될 것으로 사료됩니다.
출퇴근 기록장치를 통해 출/퇴근 시간 및 이를 초과한 근로를 인정할 수 있는 객관적 증거로 활용될 수 있으나, 질문자님 말씀대로 지문인식을 하지 못했거나 기계의 오작동으로 인해 출/퇴근 기록이 정확하지 않을 수 있습니다. 따라서 지문인식을 하지 못했다는 점 등을 입증할 수 있다면 이를 근거로 결근처리 할 수 없을 것입니다.