알바생 급여 실수로 잘못 지급했는데 이런경우 어떻게 해야하는지요?

근로계약서(1년이상 근무/3개월수습/최저임금90%)작성한 직원이 있는데 11~12월 근무하고 1월에 2일 일을 했는데 실수로 12월에 최저시급을 적용해서 지급했는데요. 1월 급여일에 2일치에서 최저임금에서 수습기간 급여를 공제한 후에 지급해도 상관없는지요? 1월초에 바로 그만둬서 올해꺼 근로계약서는 작성하지 못한 상태이구요.