장시간 근로가 우려되는 측면에 대하여는 "근로시간 선택권 확대뿐만 아니라 근로일 간 11시간 연속휴식 의무화, 단위구간이 늘어나는 경우 연장근로 시간 총량의 비례적 감축, 야간근로자 보호, 포괄임금 오남용 방지 등 장시간근로와 공짜노동에 대한 문제점을 심각하게 인식하며 근로자들의 건강을 보호하기 위한 방법도 함께 제안"하였다고 합니다.
정부는 "연장근로 총량관리의 취지는 노사가 합의하는 경우 연장근로의 관리단위를 선택할 수 있도록 추가적인 메뉴를 부여하고자 하는 것임"이라며 "근로시간에 대한 노사의 자율적 선택권 확대를 통해 일의 효율성을 높이고, 충분한 휴식을 누리도록 함으로써 근로시간의 총량을 줄이는 ‘자유롭고 건강한 노동’의 선순환 지향"이라고 밝히고 있지만, 노조 조직률이 10%정도에 불과한 한국의 현실에서 노사합의란 곧 사용자의 의사에 따른 연장근로가 될 가능성이 높습니다.