과세로 지급되던 항목 대신 기본급에 포함하여 지급하려하는데 문제가 될까요?

당사 연구소의 급여는 기본급 ,시간외수당, 연구수당으로 나눠져있고 연구수당은 연구관련 전공자 비과세, 비 전공자 과세로 지급하고 있습니다. 올해 급여를 개선하고자 비 전공자에게 지급되었던 연구수당(과세)항목을 없애려고 하는데요,(해당 직원들에게는 충분한 설명과 동의를 얻고, 연구수당으로 지급되던 금액(과세)은 기본급에 포함,지급하려고 합니다.) 인사,노무쪽으로 문제가 될만한것들이 있을까요?(세법상으로는 문제없음을 확인받았습니다.)