원칙상 보증금 반환과 주택인도는 동시이행관계입니다. 질문에서 어떠한 목적으로든 보증금을 전액 반환하지 않은 상태라면 주택인도를 거부할수 있기 때문에 해당 주거지에 임의대로 들어왔다면 이는 주거침입죄에 해당할수 있습니다. 또한 만기가 되었고 청소차 방에 들어가야 할 상황이라면 임차인에게 사전동의를 구하는게 맞습니다.
다만, 임대인 입장에서는 계약만료와 보증금을 반환하였기에 10%미반환은 합의된 퇴거보증금으로 보아 주택을 인도 받았다고 생각할 수도 있어 보입니다, 그러니 이미 퇴거를 하였고 나머지 정산만 남았으므로 좋게 마무리하시는 게 나을 듯 보입니다.