3일간 단기로 근로계약을 체결한 것이라면 계속근로가 예정되어 있다고 보기 어려워 공휴일 근로 시 휴일근로수당을 지급할 의무는 없으나, 단기 근로계약이 아닌 1개월 이상 근로하기로 하였으나 부득이한 사정으로 3일 근무 후 퇴사한 경우라면 공휴일 근로 시 휴일근로수당을 지급하는 것이 타당합니다.
상시근로자수가 5인 이상에 해당한다면 공휴일 등은 유급휴일에 그 날 근로를 제공하였다면 휴일근로가산수당을 지급하여야 합니다. 또한, 질문자님의 경우 1일 단위로 근로계약을 체결하여 계속근로가 전제되지 않는 일용 근로계약을 체결하지 않았기에 이를 무급으로 처리하시면 법 위반 소지가 있을 것으로 보입니다.