건강보험의 경우에는 각 사안에 따라 휴직시에도 공제율이 정해져 있습니다. 원칙적으로 기존에 납입되던 건강보험료의 50%씩 휴직기간에 공제가 되었어야 하오나 실제 월급이 지급되지 않았기에 휴직 후 복직시 월급지급시 휴직기간에 공제해야 하던 건강보험료를 차감하고 지급하게 되는 것입니다.
건강보험의 경우, 휴직기간에도 보험혜택의 기간이기 때문에 휴직과 관계없이 보험료가 부과되지만, 휴직기간 동안에는 납부유예를 신청할 수 있습니다. 납부유예된 보험료는 복직하게 되면 근로자는 휴직기간동안 부과하지 않았던 건강보험료를 산정하여 일시납 혹은 분납의 방식으로 납부해야 합니다.