연말정산에서는 왜 세금을 더 내야 하는 경우가 발생하나요?

저는 참고로 미혼자입니다. 매월 월급명세서에 세금 명목으로 다 빠져나갈 것 빠져나가고 분기별 등으로 별도 내야 하는 세금들도 납부하고 또 급여가 오르는 부분은 일시에 소급 입금 되면서도 세금으로 또 바로 빠져나갑니다. 그럼에도 연말정산을 받을 때 수십만원의 세금이 또 부과되는 이유가 궁금합니다. 뒤늦게 또 무엇을 덜 냈다는 것인지...