근로계약자의 퇴사시 돈을 토해내는 문제 및 미사용연차수당

근로계약서를 작성하고 근무하던 회사원입니다.

업무의 특성상 매달 마감이 있고, 그 달에 맞추어 정해진 건수를 해내야 되는 시스템입니다.

퇴사하는 월에는 일할로 계산한 건수를 다 못끝낸채 퇴사를 하게되었고

회사에서는 못한만큼을 돈으로 돌려달라는 입장입니다.

이 경우 돌려주는 것이 맞는것인가요?

맞는것이라면 왜 월급에서 제하여 주는게 아니고 월급을 먼저 입금하고 돌려줄 금액을 제가 직접 입금해주어야 하는것인가요?

추가로 2월 10일에 입사하여 1월 5일에 퇴사를 한 경우 (0년차),

발생되는 연가는 며칠로 계산을 하는 것이 맞나요?

임금이 기본급+고정연장근로수당+식대로 나뉘어 있을 때, 연가수당을 계산할 시에 기본급에서 식대를 더한 값으로 계산을 하는것이 맞나요?