임금구성항목에 대해서는 근로기준법에 명시된 내용이 없기 때문에 사업장에서 임의로 운영이 가능합니다. 직급 또는 직책에 따라 임금 구성항목을 달리 구성하여 운영할 수도 있습니다. 연장근로수당 등 가산수당의 기초가 되는 통상임금이나 퇴직금의 기초가 되는 평균임금에 대해 지장을 주지 않으므로 문제될 것은 없습니다.
구체적인 사실관계를 알 수 없어 명확한 답변을 드리기 어려우나 실제 교통비 목적으로 지급하기에 임금항목을 분리한 것일 수 있으며, 상여금 등 기준이 되는 임금을 기본급으로 하고 있는 경우, 기본급 인상 시 그만큼 상여금 또한 인상되어 인건비 부담이 늘어날 수 있다는 점을 고려하여 분리한 것일 수 있습니다.